吴敬琏指出，前些年一些地方政府运用手中权力对银行施加影响，迫使其为自己指定的项目和关联企业贷款，留下一批形象工程和政绩工程，却造成了当地经济发展过热，也埋下银行不良资产积累的隐患。
在吴敬琏看来，党政机关与银行保持适当距离，是我国为银行业发展营造良好政策环境的一环。他认为，近年来我国政府对银行业采取一系列的扶植性政策，如放宽对银行外汇业务的限制，保持较大的存贷利率差等，但还有一些重大举措需要研究和施行。
例如，从法律上说，我国对银行业仍然实行分业经营的政策，但实际上这种格局已经难以维持了。外资银行和一些金融类控股公司，已经可以提供“金融超市”的服务，为让本土银行也能提供多样性金融服务，必须加快研究银行业混业经营和相关监管问题。
吴敬琏说，今后对国内银行的监管也应当做到“审慎有效”。他认为，对银行业进行监管是“合规性”监管，即对于银行业务活动是否违反法律和法规的监管，但现在有些监管行为似乎超越了合规性监管范围，变成了对银行企业活动的微观干预，这不利于我国金融市场的发展。
在为银行业发展营造良好经营环境和政策环境方面，吴敬琏还建议，一方面要切实转变经济增长方式，把经济增长建立在技术进步和效率提高，而不是投资和出口驱动上；另一方面，要建立可靠、有效的社会信用体系，扫除银行业发展的障碍。
