林毅夫表示，在其他像我国这样发展程度的国家，银行贷款利息至少应该是10%，我国只有6%左右。一般国家存贷利差在1%左右，而我国存贷利差超过3%。实际的结果是相对较穷的储蓄者以低储蓄利率给贷款者（富有的大型企业）和银行补贴。这种逆向“补贴”造成城乡差距和收入不均现象恶化。
“我国以四大国有银行为主的金融结构，使得中小企业，尤其是小企业几乎得不到任何贷款。明显的例证就是，2006年以劳动密集的中小企业为主体的服务业，占我国国内生产总值的比重从2005年的40%下降到39.5%，世界上同样发展程度国家的平均水平是53%。劳动密集型的中小企业发展相对不足，减少了大量就业机会，这一现象造成城乡差距和收入不均。”林毅夫认为，应多发展地方性的中小金融，以支持中小企业和农户，创造就业机会，缩小城乡差距。
林毅夫认为，当前经济存在内外失衡问题，其表现为六个方面：城乡差距；收入分配差距；投资过热、消费相对不足；投资集中于某些产业的“潮涌”现象；资本账户和经常账户的双盈余；资源环境压力巨大。
资本账户和经常账户的双盈余，以及巨大的贸易顺差，使人民币不断面临升值压力。林毅夫认为，人民币大幅升值并不能解决问题。“大幅升值会使国内经济付出巨大代价，但结构性问题并不因此解决。两害相比，还是以比较小的幅度，每年3%左右升值较妥。”
