我国是世界上畜禽遗传资源最丰富的国家之一，约占世界畜禽遗传资源总量的1／6，有畜禽品种、类群576个。长期以来，由于单纯追求畜禽产品的数量，缺乏对畜禽遗传资源重要性的认识，重利用、轻保护，致使畜禽品种数量骤减。近20年来，我国已有10多个畜禽品种绝迹，20多个品种濒危，百余个品种数量急剧下降。为了保护和合理利用畜禽遗传资源，法律对畜禽遗传资源的保护作了全面规定。
一是建立基本制度。包括畜禽遗传资源保护制度，畜禽遗传资源调查制度，国家畜禽遗传资源状况报告定期发布制度，全国畜禽遗传资源保护规划和保护名录，畜禽遗传资源的鉴定、评估制度等。法律明确规定，各级人民政府应当采取措施，加强畜禽遗传资源保护，畜禽遗传资源保护经费列入财政预算。畜禽遗传资源保护以国家为主，鼓励和支持有关单位、个人依法发展畜禽遗传资源保护事业。
二是明确中央和地方政府在畜禽遗传资源保护中的责任。规定国务院畜牧兽医行政主管部门根据全国畜禽遗传资源保护和利用规划及国家级畜禽遗传资源保护名录，省级人民政府畜牧兽医行政主管部门根据省级畜禽遗传资源保护名录，分别建立或者确定畜禽遗传资源保种场、保护区和基因库，承担畜禽遗传资源保护任务。
三是对畜禽遗传资源的进出境管理作了明确规定。从境外引进畜禽遗传资源的，应当向省级人民政府畜牧兽医行政主管部门提出申请；受理申请的畜牧兽医行政主管部门经审核，报国务院畜牧兽医行政主管部门经评估论证后批准。向境外输出列入保护名录的畜禽遗传资源，应当报国务院畜牧兽医行政主管部门批准。
国家支持发展规模化标准化养殖畜禽养殖场用地按农业用地管理
加强畜禽养殖生产过程的规范，是确保为畜禽产品加工提供合格原料，保障畜禽产品质量安全的关键。目前，我国畜牧业生产方式主要是小规模分散饲养，不利于畜禽疫病防治，也不利于对养殖行为的规范，这是造成疫病控制困难与影响畜禽产品质量安全的主要原因。
为了积极引导、促进畜禽养殖向规模化、标准化发展，法律规定对畜牧业生产实行扶持和政策引导，对规模养殖和农户分散养殖进行分类指导。国家支持农村集体经济组织、农民和畜牧业合作经济组织建立畜禽养殖场、养殖小区，发展规模化、标准化养殖。乡(镇)土地利用总体规划应当根据本地实际情况安排畜禽养殖用地。
针对发展规模化养殖中存在的用地问题，法律明确规定农村集体经济组织、农民、畜牧业合作经济组织按照乡(镇)土地利用总体规划建立的畜禽养殖场、养殖小区用地按农业用地管理。用地使用权期限届满，需要恢复为原用途的，由畜禽养殖场、养殖小区土地使用权人负责恢复。在畜禽养殖场、养殖小区用地范围内需要兴建永久性建(构)筑物，涉及农用地转用的，依照《中华人民共和国土地管理法》的规定办理。
实行生产经营许可证制度防止假劣种畜禽坑农害农
1994年国务院颁布的《种畜禽管理条例》，对培育的畜禽新品种实行推广前二级审定制度，对种畜禽生产经营实行许可制度。实践证明，这两项制度有助于保障和提高种畜禽质量，是国家对种畜禽行业进行管理的有效措施。但是，该条例有关种畜禽生产经营行为的规定过于笼统和原则，难以遏制违法经营，出现了一些假劣种畜禽坑农害农案件。
为了更有效地保护饲养者的利益，法律对种畜禽的生产经营实行许可证制度。规定从事种畜禽生产经营或者商品代仔畜、雏禽的单位、个人，应当取得种畜禽生产经营许可证。申请人持种畜禽生产经营许可证依法办理工商登记，取得营业执照后，方可从事生产经营活动。
禁止任何单位、个人无种畜禽生产经营许可证或者违反种畜禽生产经营许可证的规定生产经营种畜禽。禁止伪造、变造、转让、租借种畜禽生产经营许可证。
同时，为了方便广大农户饲养畜禽，对农户饲养的种畜禽用于自繁自养和有少量剩余仔畜、雏禽出售的，农户饲养种公畜进行互助配种的，法律规定不需要办理种畜禽生产经营许可证。
为了对种畜禽实行严格的质量监督，法律规定种畜禽场和孵化场(厂)销售商品代仔畜、雏禽的，应当向购买者提供其销售的商品代仔畜、雏禽的主要生产性能指标、免疫情况、饲养技术要求和有关咨询服务，并附具动物防疫监督机构出具的检疫合格证明。而因质量问题给畜禽养殖者造成损失的，销售者应当依法赔偿损失。
餐馆泔水未经高温处理不得饲喂家畜保证畜禽粪便废水等污染物达标排放
为保障畜牧业健康发展，法律还对畜禽养殖的投入品使用、环境污染控制进行了规范，从事畜禽养殖，应当依照《中华人民共和国动物防疫法》的规定，做好畜禽疫病的防治工作。不得违反法律、行政法规的规定和国家技术规范的强制性要求使用饲料、饲料添加剂、兽药；不得使用未经高温处理的餐馆、食堂的泔水饲喂家畜；不得在垃圾场或者使用垃圾场中的物质饲养畜禽。
同时规定，畜禽养殖场、养殖小区应当有与其饲养规模相适应的生产场所和配套的生产设施；有为其服务的畜牧兽医技术人员；具备法律、行政法规和国务院畜牧兽医行政主管部门规定的防疫条件；有对畜禽粪便、废水和其他固体废弃物进行综合利用的沼气池等设施或者其他无害化处理设施；保证畜禽粪便、废水及其他固体废弃物无害化处理或者综合利用设施的正常运转，保证污染物达标排放，防止污染环境。畜禽养殖场、养殖小区违法排放畜禽粪便、废水及其他固体废弃物，造成环境污染危害的，应当排除危害，依法赔偿损失。国家支持畜禽养殖场、养殖小区建设畜禽粪便、废水及其他固体废弃物的综合利用设施。
