9．11发生几天后，国会参众两院联合通过决议，授权美国总统动用武力反击恐怖袭击。2001年11月13日，美军攻克阿富汗首都喀布尔当天，布什总统发布一号军事命令，宣布将成立特别军事法庭来审判一些塔利班政权成员和基地组织的人，而不是将他们送上普通法庭和已有的一般军事法庭。国防部决定将这些被俘者关押在位于关塔那摩的美军基地。这样做的原因是，普通法庭保护被告的宪法权利，一般军事法庭则受1950年国会通过的军事司法统一法规(UCMJ)的制约，特别是举证规则，被告有权面对指控和证据，有权要求和证人当面对质，判决后有上诉权，等等。而国防部认为，反恐战争中，有些秘密证据不能在法庭上公开，不能让被告知晓。所谓特别军事法庭将采用新的规则，其理由是，这些人不是美国公民，也不是一般战俘，不受美国宪法的保护，也不受日内瓦公约的约束。特别军事法庭在美国历史上只有南北战争和二战中才有过，布什总统宣布的理由就是国会已授权他动用武力。
布什这一决定，立即受到美国朝野的强烈质疑。2001年11月30日，《纽约时报》，著名专栏作家安东尼．刘易斯(Anthony Lewis)在文章用了一个醒目标题“醒来吧，美国”，指责布什总统要建立特别军事法庭来审判非美国公民的恐怖活动罪犯的行政命令，是大规模地剥夺了人们应该得到的宪法保护。参议院司法委员会对于总统没有和国会商量就作出如此宣布，表达了强烈的不满，要求司法部长阿什克洛夫特出席参院司法委员会听证会作出解释。布什总统的行政班子则一再解释说，这样做是反恐战争特殊情况的需要，战争期间动用这一措施有先例可引，总统采取这种战争期间的措施是合法的。
对于美国民众来说，这是一个自由和安全的两难问题。在将近五年的时间里，反恐战争进入了胶着状态。布什很多反恐决策遭到国内外的质疑和反对，关塔那摩被囚者的人权状态，受到各方关注，一度弄得布什手下的人相当狼狈。一方面，这些被囚者是美国反恐战争的重要情报源，他们必须从中了解恐怖活动的组织和运作，另一方面他们知道做得太过分则外界必将得知而反应强烈，再一方面，他们还不敢轻易将被囚者释放。美军曾释放了部分人，有些证明是应该释放的普通人，但也有人确实放出去后又投入反美恐怖活动。但是，布什和美国军方都知道，这些人不可能永远关着，早晚得有个结论，要么放出去，要么就经过法庭审判，判出一个结果来。在反恐战争仍在进行的情况下，军方将动用特别军事法庭来审判这些被羁押者。可是，特别军事法庭的合法性，却始终还是个问题。
根据美国的分权制衡原则，宪法和法律的解释权，在司法系统手里。可是，美国的司法系统有司法自制的约束，只以裁决具体案件和诉讼的方式发表意见，而不主动对有争议的问题提供“行政咨询”。尽管联邦最高法院的大法官们从一开始就知道布什总统的决定，他们却一声不吭。只有具体案件和诉讼一级一级上诉到他们面前，才是他们释法释宪的机会。
终于，机会来了。36岁的也门人哈姆丹是本．拉丹的司机。2004年7月，他被控共谋恐怖活动，将接受特别军事法庭审判。他是动用特别军事法庭审判的第一个人。在此以前，乔治城大学法学教授NealK.Katyal ，为哈姆丹向联邦法庭申请人身保护令。人身保护令是英美司法系统中一项根深蒂固的制度规定，任何人在被羁押而失去人身自由的时候，都可以向法庭申请人身保护令，即申请由中立的法庭来审查被羁押的理由是否合法正当。2004年11月，联邦地区法庭批准哈姆丹的人身保护令，命令特别军事法庭暂停对他的审判，认为特别军事法庭在审判他以前，必须证明他确实是1949年日内瓦会议所定义的“非法战斗人员”而不是一般的战俘。其逻辑是，一般战俘就应该由一般的军事法庭来审判，其控罪和举证，都要受日内瓦公约和UCMJ的约束。
控方向联邦上诉法院上诉，同时让哈姆丹出席战斗人员身份的审查听证。审查结果确定，哈姆丹等人符合“非法战斗人员”的身份。2005年7月，联邦上诉法院推翻了地区法庭的决定，认为日内瓦公约不适用基地组织成员，特别军事法庭是得到国会授权的。
美国政府指派给哈姆丹的律师，是一个叫斯威夫特的海军军官。他和Katyal教授立即代表哈姆丹向最高法院上诉。2006年3月28日，最高法院就此案举行听证。这一90分钟的最高法院法庭辩论的录音，可以在互联网上收听。大法官们表现得非常平静和克制，一切顺畅。在收听了这90分钟录音后，我得出的印象是，最高法院的大法官早已胸有成竹。
最高法院以5比3作出了判决。首席大法官罗伯茨此前刚好是上诉法院的法官，参与了此案在上诉法院的意见，现在申请回避。最高法院发表了长达185页的意见书，包括少数大法官的反对意见。最高法院的意见书一槌定音:布什总统的决定是越权，特别军事法庭是违宪的。
这一结局，是美国制度运作的自然结果。哈姆丹的律师斯威夫特说，这一裁决，表现了美国司法制度的力量。他说:这一裁决表现了我们的独特，它使得我们更为强大，它说明我们终将在一切斗争中获胜。
